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- 김지현 교수, 연세 이윤재 펠로우 교원 선정
- 우리 대학 시스템생물학과 김지현 교수가 2024년 5월11일 백주년기념관에서 개최된 연세대학교 창립 139주년 기념식에서 작년에 신설된 'Yonsei Fellowship(연세 월드-클래스 석학교수 양성 프로그램)'에서 각 전공 분야의 선도 연구자로서 연세대의 국제적인 연구 경쟁력에 크게 기여했을 뿐만 아니라 학부 교육 등 모든 면에서 탁월한 교원에게 주어지는 '연세 이윤재 펠로우(Yonsei Lee Youn Jae Fellow)'로 선정되었다. [사진 좌측부터: 윤동섭 총장, 김지현 교수, 이윤재 의장] 생명시스템대학 시스템생물학과 및 대학원 생명과학부 교수로서 대학교부설 연구기구인 마이크로바이옴연구원 원장을 맡고 있고 한국과학기술한림원 정회원이기도 한 김지현 교수는 대통령표창, 과학기술정보통신부 장관표창, 대한민국학술원상(자연과학기초부문) 등을 수상한 바 있고 이번에 인체∙식물∙환경 마이크로바이옴과 더불어 대장균 세포공장을 비롯한 다양한 미생물의 유전체와 다중오믹스 시스템 분석 및 생명 진화 연구를 통해 생명과학과 시스템/합성생물학의 발전에 기여한 공로를 인정받았다. 이날 수상한 '연세 이윤재 펠로우십(Yonsei Lee Youn Jae Fellowship)'은 ㈜지누스 이윤재 이사회 의장의 기부금으로 운영된다. 지누스의 창업자이자 최대주주인 이윤재 회장은 우리 대학교 정치외교학과를 1975년에 졸업했다. 1979년 텐트업체인 진웅기업으로 출발한 지누스는 당시 세계 텐트 시장의 35%를 점유하고 매년 연평균 50%이상의 성장을 지속하여 1989년 코스피에 상장했다. 그러나 외환위기(IMF) 시절부터 경영악화를 피할 수 없어 결국 2005년 상장 폐지가 됐다. 이후 가구 사업으로 영역을 전환하며 자체 브랜드를 생산하여 온라인 유통망을 집중 공략하여 2015년부터 현재까지 아마존 판매 1위를 차지하며 상장 폐지 후 14년 만인 2019년 지누스는 재상장하며 ‘북미 온라인 매트리스 시장 1위’라는 타이틀과 함께 국내 시장에 복귀했다. [관련 기사 1] 연세 창립 139주년 기념식 개최 [관련 기사 2] 세상을 바꾸는 연대인들 (24) - 이윤재 지누스 이사회 의장
- 시스템생물학과 관리자 2024.10.04
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- 정효빈 교수, 유럽 분자생물학 연구소 (EMBL) 공동 연구팀 “노화 과정의 클론성 조혈증에 관여하는 모자이크 구조변이와 세포 분화에의 영향을 최초로 규명”
- 정효빈 교수, 유럽 분자생물학 연구소 (EMBL) 공동 연구팀 “노화 과정의 클론성 조혈증에 관여하는 모자이크 구조변이와 세포 분화에의 영향을 최초로 규명” 시스템생물학과 정효빈 교수는 유럽 분자생물학 연구소 (EMBL, 독일 하이델베르크) 와의 공동 연구를 통하여 사람의 노화 과정에서 조혈모세포가 어떤 모자이크 구조 변이를 획득하는지 landscape을 파악하고 구조 변이 클론의 세포 타입 조성을 조사함으로써 모자이크 구조 변이의 기능적 영향을 탐색하였다. 이를 통해 TET2, DNMT3 등의 유전자에 생기는 단일염기 변이 뿐만 아니라 AR, SREBF1, NF1 등을 수반한 모자이크 구조변이가 클론성 조혈증에 관련될 수 있으며, 세포 분화 기전에 영향을 줄 수 있음을 새롭게 제시하였다. 이 연구는 Nature Genetics 저널에 2024년 6월 게재되었다. (“Cell-type-specific consequences of mosaic structural variants in hematopoietic stem and progenitor cells” Nature Genetics (2024) doi: 10.1038/s41588-024-01754-2) 본 논문은 2023년 해당 연구팀이 최초로 개발한 단일세포 구조변이-후성유전체 통합 분석 생명정보 기법인 scNOVA (doi: 10.1038/s41587-022-01551-4)가 Case study 뿐 아니라 실제로 확대된 코호트에서 체성 모자이크 변이와 관련된 다양한 생물학적 질문에 답하기 위해 적용될 수 있음을 시사하였다. 이와 같은 경험을 토대로 정효빈 교수 연구팀은 본 연구에서 개발된 생명 정보 기법을 개선하고 새로운 코호트 데이터에 적용하여 종양내 이질성, 암의 진화에서 클론 증식의 분자적 기전 등에 대한 새로운 생물학적 발견에 도전할 계획이다. [그림] scNOVA 분석방법을 다양한 연령의 건강한 공여자 조혈모세포에 적용하여 클론성 조혈증을 일으킬 수 있는 구조변이 landscape와 세포 분화에 미치는 영향을 탐구한 모식도
- 시스템생물학과 관리자 2024.09.20
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- 서동혜 (시스템생물 02) 동문의 겐트대학교 글로벌 캠퍼스 교수 임용
- 서동혜 (시스템생물 02) 동문의 겐트대학교 글로벌 캠퍼스 교수 임용 서동혜 동문의 겐트대학교 글로벌 캠퍼스 임용이 확정되었다. 2024년 8월부터 겐트대학교 글로벌 캠퍼스 생명과학부 분자생명공학과 내 식물생명공학센터 (Plant Biotechnology Research Center)에서 근무를 시작하였다. 2002년 연세대학교 이과대학에 입학해 시스템생물학과를 졸업하였으며, 2007년부터 동대학원 김우택 교수님 연구실에서 석박사통합과정을 통하여 박사학위를 수여받았다. 2016년부터 미국 PURDUE 대학교의 윤경미 교수님 연구실에서 박사후연구원 기간을 보냈으며, 2019년부터는 연세대학교 김우택 교수님 연구실로 돌아와 생명시스템연구원 소속 연구교수로 연구를 이어나간 바 있다. 학부 과정동안 김우택 교수님의 식물분자생리학 수업을 들으면서 수업 중간중간 말씀해주신 진행중인 연구에 대한 소개를 들으면서 식물 연구에 대한 새로운 시각을 가지게 되었다. 이에, 김우택 교수님 연구실에서 식물의 스트레스 호르몬인 앱시스산의 신호전달 기작에 관한 연구를 진행하였으며, 스트레스 저항성 관련 유전자를 발굴하고 이를 작물에 적용시킴으로써 분자생물학을 기반으로 하는 식물 연구가 실제로 농업 발전의 기반이 될 수 있음을 익힐 수 있었다. 윤경미 교수님 연구실에서는 식물의 생장 및 과실의 후숙을 유도하는 가스 형태의 호르몬인 에틸렌의 신호전달기작을 규명하는 연구를 진행하였다. 연세대학교에서 연구교수로 재직하면서, 식물의 진화 과정에서 중 첫 육상 식물인 우산이끼에서 환경스트레스 대응 유전자를 발굴하고 그 기능을 규명하는 연구를 이어나갔다. 겐트대학교 글로벌 캠퍼스에서는 식물이 환경 스트레스에 적응하기 위해 발달시킨 기작들과 호르몬 신호전달기작의 확립 과정에 대하여 분자진화적인 관점에서 연구할 예정이다.
- 시스템생물학과 관리자 2024.09.06
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- 안희경 (시스템생물 08) 동문의 에든버러 대학교 교수 임용
- 안희경 (시스템생물 08) 동문의 에든버러 대학교 교수 임용 안희경 동문의 에든버러 대학교 임용이 확정되었다. 2024년 11월부터 에든버러 대학교 생명과학부 내 식물분자생물학 연구소 (Institute of Molecular Plant Sciences)에서 근무하게 된다. 여기에 런던왕립학회에서 수여하는 University Research Fellow에도 선정되었다. 전 과학 분야에 걸쳐 해마다 30명 정도를 뽑는 URF는 학문후속세대에게는 가장 권위있는 펠로십으로 8년간 총 180만 파운드 (한화로 약 30억원)을 지원받게 된다. 2008년 연세대학교 생명시스템대학에 입학해 시스템생물학과를 졸업했고, 부전공으로 사학을 수료했다. 2011년부터 동대학원 배현숙 교수님 연구실에서 석박사통합과정을 지냈다. 2018년 4월부터 영국 노리치 The Sainsbury Laboratory (TSL)의 조나단 존스 교수님 연구실에서 박사후연구원 기간을 보냈다. 어려서는 식량 자원이라는 측면에서만 작물에 관심을 가졌으나, 우연한 기회에 배현숙 교수님 연구실에서 학부 연구생으로 지내면서 식물을 연구하는 것 자체에 매력을 느끼게 되었다. 특히 여러 단백질이 한데 모인 복합체를 연구하면서, 세포 내 단백질 복합체 형성 및 유지에 관심을 갖기 시작했다. 존스 교수님 연구실에서는 병원균을 인식하는 식물 세포 내 수용체 연구를 진행했다. 특히 박사과정 연구를 기반으로 병원균을 인식하는 세포 내 수용체가 다양한 형태의 복합체를 이루는 것을 보였다. 에든버러 대학교에서는 이 수용체가 복합체를 형성하는 원리를 밝히고 이를 바탕으로 새로운 병원균 수용체를 찾아내는 방법을 연구할 예정이다.
- 시스템생물학과 관리자 2024.06.27
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- 정지연(시스템 생물 03) 동문, 하버드대 교수 임용
- 정지연(시스템 생물 03) 동문, 하버드대 교수 임용 정지연(시스템 생물 03) 동문이 2023년 1월 하버드대 교수로 임용되었다는 낭보가 들려왔다. 학부에서 생물학 공부를 시작한 지 20년 되는 해에 하버드대 교수가 되었다. 정 동문은 연세대학교에서 시스템 생물학과 학사와 석사 학위를 받고 예일대에서 박사 학위 취득 후 교수 임용 전까지 하버드 의과대 박사연구원으로 활동했다. 정 동문이 연구자와 교수자의 길을 걷게 된 시작은 학부 때 시스템생물학과 정인권 교수의 바이러스학 강의로 거슬러 올라간다. 그 때 그 수업이 너무 재미있어서 대학원에서도 정인권 교수 연구실에서 공부하고 박사 유학까지 하게 되었다. 정 동문은 “연구에 있어 개개인의 독립성을 이끌어 주셨던 정인권 교수님 덕분에 연구를 재미있게 해왔다. 그 결과가 지금의 나를 만들었다”고 회상하며 “정인권 교수님을 롤모델로 삼고 학생들을 지도하고 연구 활동을 해나가고 싶다”고 했다. 정지연 동문은 앞으로 뇌 안에서 지방이 저장되고 사용되는 메커니즘을 연구함으로써 치매와 파킨슨병 등 뇌 질환의 새로운 해법을 제시하려고 한다. 사람들은 보통 지방을 다이어트와 연관 지어 생각하지만 정 동문은 다이어트보다는 뇌과학적 측면에서 지방의 중요성을 주목한다. 보이지 않지만 뇌 안에도 여러 지방이 존재하고 지방이 과하거나 부족하면 큰 문제가 일어난다. 이 과정에서 지방질이 뇌에서 어떤 역할을 하고 또 어떻게 신경계에 영향을 미치는지 연구할 예정이다. 정 동문은 ‘진리가 너희를 자유케 하리라’는 연세 정신을 소중한 격언으로 받아들여왔다 왜냐하면 스스로 좋아하는 학문이나 일에 몰입하면 그 과정이 아무리 힘들어도 그 속에서 즐거움, 나아가 자유를 느낄 수 있기 때문이다. “연세 정신의 핵심을 ‘과정을 즐겨라’로 해석한다”는 정 동문은 “지금 연구하는 학문의 진리로부터 즐거움을 느껴 보기를 바란다. 그러면 좋은 결과는 자연스럽게 따라 온다”는 말로 후배들에 대한 조언을 전했다.
- 시스템생물학과 관리자 2024.06.03
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- 양성욱 교수 연구팀, Hoogsten DNA-은나노 클러스터 센서가 표적 miRNA와 결합 시 적색 형광을 방출함을 규명
- 양성욱 교수 연구팀, Hoogsten DNA-은나노 클러스터 센서가 표적 miRNA와 결합 시 적색 형광을 방출함을 규명 시스템생물학과 양성욱 교수 연구팀은 덴마크 Roskilde University Pratik Shah 교수 연구팀, 본교 양원호 교수 연구팀과의 공동 연구를 통해 Tailed-Hoogsteen 삼중 DNA 기반 은나노클러스터가 표적 miRNA 탐지와 결합, 빨간색 형광을 방출함을 규명하였다. 은나노클러스터(AgNCs)의 Hoogsteen 삼중 DNA 구조를 사용하여 타겟 miRNA를 세포 외 탐지하거나, 세포내 이미징이 동시에 가능한 기술이다. 본 연구는 그 우수성을 인정받아 Small 지에 2023년 11월 온라인 게재되었다. (Tailed-Hoogsteen Triplex DNA Silver Nanoclusters Emit Red Fluorescence upon Target miRNA Sensing. Small (IF: 13.3). 15th Nov 2023. Online ahead of print. https://doi.org/10.1002/smll.202306793). 본 연구에서 저자들은 Tailed-Hoogsteen 삼중 DNA에 싸인 은나노클러스터(DNA/AgNC)를 사용하여 표적 miRNA를 감지하는 새로운 방법을 제시하였다. 센서 끝에 달려 있는 tail 염기서열은 miRNA와 상보적이며, 이 tail과 miRNA가 결합할 시 Tailed-Hoogsteen 삼중 DNA/AgNC는 뚜렷한 빨간색 형광을 방출함을 확인하였다. 다음으로 이 miRNA 센서가 세포에서 추출한 전체 RNA 속에서도 표적 miRNA를 효과적으로 탐지함을 확인하였다. 이어서 양원호 교수 연구팀의 도움으로 대장암 세포주 내에 miR-21을 탐지할 수 있는 센서를 도입하였고, 그 결과 DNA/AgNC 기반 센서를 이용한 이미징을 최초로 성공하였다. 이는 기존의 DNA/AgNC 기반 miRNA 센서들이 주로 turn-off mechanism을 가지고 있어 세포 이미징에 적용하기 어려웠다는 점과 비교했을 때 본 연구팀이 개발한 센서가 갖는 큰 장점이라고 할 수 있다. 또한 본 연구팀은 젤 전기영동 기반 형광 분석 및 SAXS(소각 X선 산란) 분석을 통해 Tailed-Hoogsteen 삼중 DNA/AgNC가 표적 miRNA 탐지, 결합 시 단량체에서 이량체로 변함을 확인, turn-on 센서의 형광 방출 메커니즘을 규명하였다. 종합적으로, 본 연구 결과는 Tailed-Hoogsteen 삼중 DNA/AgNC가 in vitro 이미징 및 세포 내 이미징 모두에서 miRNA 탐지를 위한 효율적인 센서로서 이용될 수 있음을 시사한다. 공동 제1저자 Hari Chandana Yadavalli 학생, 박수연 학생 Small논문 모식도 참여 저자: Hari Chandana Yadavalli†, Sooyeon Park†, Yeolhoe Kim, Tae-Hwan Kim, Min Kyun Han, Il Lae Jung, Yong Joo Bhang, Won Ho Yang, Louise Torp Dalgaard, Seong Wook Yang*, Pratik Shah* (†: 공동 제1저자, *: 교신저자)
- 시스템생물학과 관리자 2023.11.20
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- 허지원 박사, 충남대학교 생명정보융합학과 임용
- 허지원 박사, 충남대학교 생명정보융합학과 임용 생명시스템대학 시스템생물학과 미생물유전체학 및 시스템/합성생물학 연구실(김지현 교수)의 연구교수인 허지원 박사의 충남대학교 생명시스템과학대학 생명정보융합학과 소속 전임교원으로 임용이 확정되었다. 허 박사는 2023년 9월 1일부터 마이크로바이옴 전공 분야를 담당하는 조교수로 근무하게 된다. 허지원 박사는 포스텍에서 면역학 박사학위를 받은 후 생물정보학으로 연구분야를 전환하였으며, 2020년 김지현 교수 연구실에 합류하여 인체 마이크로바이옴과 질병의 연관성에 대한 연구를 담당하였다. 허 박사는 '대장암 환자의 분변 미생물을 활용한 예후 예측' 및 '젊은 마우스 유래 장 미생물군집을 통한 늙은 마우스의 노화개선' 연구를 성공적으로 수행하여, 지난 해 해당 분야의 세계적 학술지인 Microbiome (JCR 2022 IF 15.5)에 두 편의 논문을 게재하였다. 한편, 김지현 교수의 미생물유전체학연구실에서는 권순경 연구교수가 지난 2019년 3월 1일 경상국립대학교 자연과학대학 생명과학부에 미생물유전체학 전공 조교수로 부임하여(현재 부교수) 시스템미생물학연구실을 이끌고 있다.
- 시스템생물학과 관리자 2023.07.19
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- 김지현 교수, 한국미생물·생명공학회 학술대상 수상
- 김지현 교수, 한국미생물·생명공학회 학술대상 수상 생명시스템대학 시스템생물학과 김지현 교수는 2023년 6월 22일 경주화백컨벤션센터에서 개최된 '2023년 학회 창립 50주년 기념 국제학술대회 및 정기학술대회' 정기총회에서 대장균 세포공장을 비롯한 다양한 미생물의 유전체와 다중오믹스 시스템 분석 및 생명 진화와 마이크로바이옴 연구를 통해 미생물유전체학과 시스템/합성생물학 및 학회의 발전에 기여한 공로로 학술대상을 수상했다. 김지현 교수는 2000년부터 학회의 정회원으로 활동하면서(2009~현재, 평의원), Journal of Microbiology and Biotechnology Editor (2005~2007), 학술간사(2014), 재무간사(2015), 감사(2018), 학술진흥위원장(2021), 이사(2023) 등을 역임하며, 미생물유전체전략연구사업(2014~2022) 단장으로서 지속적으로 학술대회를 후원하고 심포지엄 세션을 운영하는 등 학회의 발전을 위해 헌신적으로 봉사해왔을 뿐만 아니라, J. Microbiol. Biotechnol.에 게재한 교신저자 논문 2편(2017, 2020)을 포함하여 미생물 유전체 분석과 기능 및 진화 연구(Trends Genet 2001; Nucleic Acids Res. 2005, 2007; Nature 2009; Genome Biol. Evol. 2013; Nat. Commun. 2016), 대장균 세포공장의 유전체 및 다중오믹스 시스템 분석(J. Mol. Biol. 2009; Genome Biol. 2012), 마이크로바이옴 연구(Nat. Biotechnol. 2018; Gut 2021; Microbiome 2021, 2022a, 2022b)를 비롯한 연구/리뷰 논문 120여 편, 특허 및 프로그램 등록 50여 건 등 미생물·생명공학 분야에서 이룩한 탁월한 연구업적은 국가연구개발 우수성과 100선(2010, 2019), 교육과학기술부 장관상(2011), 과학기술정보통신부 장관표창(2019), 대통령표창(2022)과 대한민국학술원상(2019) 등의 수상을 통해 검증된 바 있다.
- 시스템생물학과 관리자 2023.07.17
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- 김국래 박사, 연세대학교 약학과 임용
- 김국래 박사, 연세대학교 약학과 임용 생명시스템대학 시스템생물학과 구조생물학 연구실(조현수 교수)의 제자인 김국래 박사는 연세대학교 약학대학 약학과 소속 전임교원으로 임용이 확정되었다. 김 박사는 2022년 3월 1일부터 구조생물학과 물리약학 전공 분야를 담당하는 조교수로 근무하게 된다. 김국래 박사는 연세대학교 시스템생물학과에서 구조생물학 박사학위를 받은 후 미국 University of North Carolina at Chapel Hill의 Bryan Roth 연구실에서 박사후 연구원으로 있으면서 5년간 GPCR 구조연구 뿐만 아니라 약리학으로 연구를 확장 진행하였으며, 2020년 CELL 지에 제 1저자로 논문을 게제 하였으며, 이후 제1저자로 NATURE(2022), NEURON(2022), Nature Communications(2023) 등의 우수 학술지에 논문을 게제 하였다. 조현수 교수는 막 단백질 구조연구 분야에서 15년 이상 오랫동안 연구를 해오고 있고 수많은 업적과 노하우가 있으며 우수한 학생들과 함께 연구를 진행하고 있다.
- 시스템생물학과 관리자 2023.07.17
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- 양성욱 교수 연구팀, 크로마틴 변형 복합체가 식물 호르몬인 아브시스산 (ABA)에 반응하여 microRNA 발현을 조절함을 규명
- 양성욱 교수 연구팀, 크로마틴 변형 복합체가 식물 호르몬인 아브시스산 (ABA)에 반응하여 microRNA 발현을 조절함을 규명 시스템생물학과 양성욱 교수 연구팀은 건국대학교 윤대진 교수 연구팀, 아르헨티나 Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (CONICET-UNL) Pablo A. Manavella 박사 연구팀과의 공동 연구를 통해 HOS15-HDA9 크로마틴 변형 복합체가 HYL1과 결합하여 ABA 처리 하에서 microRNA (miRNA) 발현을 억제함을 규명하였다. 본 연구는 미국식물학회 (American Society of Plant Biologist)에서 발행하는 식물학 분야 저명 학술지인 ‘The Plant Cell’지에 (5-year IF: 12.796) 2023년 5월 게재되었으며, 독창성과 우수성을 인정받아 ‘in brief’로 선정 및 소개되기도 하였다. (The HOS15-HDA9 complex associates with HYL1 to modulate miRNA expression in response to ABA signaling. The Plant Cell. 17 May 2023. Online ahead of print. https://doi.org/10.1093/plcell/koad132). miRNA는 21-24 뉴클레오타이드의 길이를 가지는 작은 비번역 RNA로 생체 내 mRNA 침묵과 번역 억제에 중요한 역할을 한다. 식물에서 miRNA는 RNA polymerase II에 의해 전사되고 DCL1, HYL1, SERRATE를 핵심 인자로 갖는 마이크로프로세서에 의해 프로세싱 된다. 식물에서의 항상성 유지와 적절한 발달 프로그래밍을 위하여 마이크로프로세서 및 miRNA는 전사 및 전사 후 단계에서 매우 엄격하게 조절되고 있다. 식물이 환경 스트레스에 노출되었을 때 miRNA는 유전자 발현 조절의 핵심적인 역할을 한다. 본 연구팀은 forward genetic 스크리닝을 통해 스트레스 반응 복합체로 잘 알려진 HOS15-HDA9 복합체가 miRNA 생합성에 관여함을 확인하였다. 이에 HOS15-HDA9 복합체와 miRNA 생합성 경로에서의 작용 메커니즘 및 마이크로프로세서와의 관련성을 확인하고자 하였다. 이에 더해, HOS15-HDA9 복합체가 식물에서의 스트레스 관련 호르몬인 ABA signaling 하에서의 miRNA 발현 조절 주요 인자인지를 확인하고자 하였다. 그 결과, 본 연구팀은 HOS15-HDA9 복합체가 HYL1과 결합하며, ABA 처리 하에서 miRNA 발현의 조건적 억제자로 작용함을 확인하였다. 또한, HYL1과 초기 pri-miRNA (nascent primary miRNA)의 결합이 HOS15-HDA9 복합체를 miRNA 유전자 loci에 위치할 수 있도록 하고, 그 결과 HOS15-HDA9 복합체가 miRNA 발현을 억제하며 pri-miRNA 프로세싱을 저해함을 확인하였다. 따라서, 본 연구 결과는 초기 pri-miRNA가 miRNA 유전자 loci에 전사 조절자들을 위치할 수 있도록 하는 스캐폴드로 작용, miRNA의 전사 및 프로세싱을 조절할 수 있음을 보여주었다. 참여 저자: Junghoon Park†, Axel J Giudicatti†, Zein Eddin Bader†, Min Kyun Han†, Christian Møller, Agustin L Arce, Zheng-Yi Xu, Seong Wook Yang*, Pablo A Manavella*, Dae-Jin Yun* (†: 공동 제1저자, *: 교신저자) 상단: (좌측 상단부터 시계방향으로) 공동 제1저자 박정훈 박사, Axel J Giudicatti 학생, Zein Eddin Bader 박사, 한민균 학생, 공동 교신저자 윤대진 교수, Pablo A Manavella 박사, 양성욱 교수 하단: ‘The Plant Cell’ 지에 in brief로 소개된 본 논문의 모식도 (https://doi.org/10.1093/plcell/koad135)
- 시스템생물학과 관리자 2023.05.22